Plik server.cfg w domyślnej konfiguracji nie jest wczytywany przez serwer. Niektóre hostingi mają dodaną do lini startowej komendę, dzięki której ten plik jest czytany. Za to plik cfg/autoexec.cfg jest czytany zawsze, niezależnie od konfiguracji hostingu. Do tego jest on czytany zawsze jako pierwszy (przed gamemode), dlatego jeśli zmieniasz jakieś cvary w tym pliku, to upewnij się, że plik gamemode później nie zmieni ich wartości.
Nie polecam trzymać cvarów w pliku gamemode - czasami po updejcie CSa, ten plik jest zastępowany nowym. Cvary z pliku gamemode są wczytywane w drugiej kolejności (po autoexec.cfg)
W sourcemod.cfg nie polecam przechowywać cvarów, ponieważ ten plik do tego nie służy. Równie dobrze można te cvary trzymać w każdym innym pliku konfiguracyjnym, z folderu cfg/sourcemod - nie o to w tym chodzi. Configi z folderu cfg/sourcemod są wczytywane na końcu. Oczywiście jeżeli na serwerze nie ma już pluginu, który wygenerował dany config, to cvary z tego configu nie zostaną wczytane.
Jakie jest najprostsze i najwygodniejsze wyjście? Ładować wszystko do pliku cfg/server.cfg, a na końcu pliku gamemode dodać polecenie exec server.cfg - działa na każdym hostingu (i dedyku).